En 2311, l'incident de Tomed avec les Romuliens fait prendre conscience à la Fédération que la paix qui s'est installée depuis la conférence de paix de Khitomer pourrait ne pas durer aussi longtemps qu'espéré. La paix avec les Klingons est fragile et on ignore tout des plans des Romuliens. En 2344, la destruction de l'Enterprise-C achève de convaincre les amiraux de Starfleet qu'il faut mettre au point un nouveau type de vaisseau capable de remplacer les
vaisseaux de classe Ambassador. A partir de 2345, les ingénieurs travaillent sur un nouveau type de vaisseau polyvalent qui devra assurer la relève des vaisseaux de Starfleet de classe Oberth et Ambassador. En ces temps incertains, la polyvalence du nouveau vaisseau de classe Galaxie est essentielle : spacieux, voire luxueux, le nouveau vaisseau doit représenter la Fédération; il doit accomplir des missions diplomatiques et accueillir des négociations de paix en cas de conflit.
Mais il doit aussi posséder une grande vitesse et des moyens d'attaque et de défense à la pointe de la technologie. Le projet est mis au point entre 2245 et 2250 et le premier vaisseau (USS Galaxy) sort des chantiers spatiaux d'Utopia Planitia en 2357. Les essais sur ce vaisseau durent jusqu'en 2362, date à laquelle il entre en service. Pendant les essais, la construction d'un autre vaisseau commence : celle de l'USS Yamato.
Après la perte de l'Enterprise-C, il est unanimement décidé que le troisième vaisseau serait nommé "Enterprise" : en 2364, le NCC-1701-D Enterprise sort à son tour des chantiers spatiaux.
 | Etant donné que le vaisseau doit emporter des familles entières, la sécurité de ces derniers doit être assurée. Il est donc prévu, en cas de danger, de pouvoir séparer le vaisseau en deux : les civils embarquent dans la soucoupe du vaisseau qui peut s'éloigner pendant que le corps du vaisseau continue à combattre. En cas de risque d'explosion du noyau de distorsion, il est également possible d'évacuer tout l'équipage dans la soucoupe et d'abandonner le corps du vaisseau (qui contient le noyau de distorsion). Le raccordement entre les deux parties du vaisseau est une manoeuvre délicate qui peut être effectuée en automatique ou en manuel. |
 | En 2364, le vaisseau est confié au capitaine Jean-Luc Picard pour une mission de cinq ans. En 2367, l'Enterprise-D est gravement endommagé par l'attaque des Borgs et il subit donc d'intenses réparations pendant plusieurs semaines. En 2369, l'Enterprise-D est rappelé à la base 97 pour y subir un nettoyage obligatoire : à force de voyager en vitesse de distorsion, le vaisseau a accumulé des particules de résine de trilithium qui peuvent se révéler très dangereuses. En 2371, attaqué par un Oiseau de Proie Klingon de classe B'Rel, l'Enterprise-D est détruit en orbite autour de la planète Veridian III. L'équipage est évacué dans la soucoupe qui peut atterrir en catastrophe sur Veridian III. |
Cette même année, Starfleet, qui a déjà perdu trois vaisseaux de classe Galaxie (USS Enterprise-D, USS Odyssey et USS Yamato) décide de moderniser les autres vaisseaux de classe Galaxie déjà construits et de reporter ces modifications sur les nouveaux vaisseaux. En effet, depuis 2364, le contexte du Quadrant Alpha a beaucoup changé : les Borgs sont une menace permanente et la menace du Dominion se profile. Les nouveaux vaisseaux de classe Galaxie sont donc équipés d'un nouveau moteur de distorsion plus puissant (qui porte la vitesse maximum à 9.9), de boucliers à fréquence changeante et de 14 bancs de phaseurs (au lieu de 12)
Le lancement du programme de construction d'un remplaçant aux vaisseaux de classe Galaxie voit ses débuts en 2365, lorsque le capitaine Picard rend compte de son premier contact avec les Borgs. Starfleet a alors deux projets en tête : un petit vaisseau maniable, léger et très puissant, uniquement destiné au combat et un remplaçant aux vaisseaux de classe Galaxie. Le premier concept donnera naissance au USS Defiant et le second aux vaisseaux de classe Souverain. Contrairement aux années 2360, il n'est
plus question de construire un vaisseau "pacifique". Si un certain confort et un certain luxe sont accordés en vue des futures missions diplomatiques, il n'est plus question d'accueillir des familles des membres d'équipage. Une grande attention est portée aux systèmes défensifs et offensifs afin de préparer le vaisseau aux situations de combat. Les vaisseaux de classe Souverain sont équipés des dernières innovations technologiques de Starfleet : boucliers à fréquence changeante, torpilles
quantiques, moteur de distorsion plus puissant et un Docteur Holographique de Secours de type 1. Le premier vaisseau de ce type sort des chantiers spatiaux de Starfleet en 2371 et il est baptisé USS Sovereign. Sa mise en service actif est prévue pour 2372. Lorsque l'Enterprise-D est détruit en 2371, Starfleet décide de renommer le vaisseau "Enterprise" et lui donne le numéro NCC-1701-E.
Le 1er novembre 2372, le capitaine Picard et ses officiers (à l'exception du lieutenent-commander Worf) prennent possession du navire et partent pour une nouvelle mission de cinq ans.
En 2373, le vaisseau connaît son baptême du feu contre les Borgs lorsque ceux-ci tentent d'attaquer la Terre. Envahi par les Borgs, le vaisseau est partiellement "assimilé" et doit ensuite subir plusieurs semaines de réhabilitation.
En 2379, au cours de sa seconde mission de cinq ans, l'Enterprise-E est quasiment détruit par l'Oiseau de Guerre Réman Scimitar et il doit subir plusieurs mois de réparation. Lors de ces réparations, le Premier Officier William Riker et la conseillère Deanna Troi-Riker quittent l'équipage pour assurer une nouvelle affectation sur l'USS Titan.
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